Éste deriva del 1.4 HDi, qu
e equipan numerosos modelos de Peugeot, Citroën y Ford. Ha sido adaptado al peso y a la utilización del Aygo, con una potencia de 54 CV DIN (40 Kw CEE) a 4.000 rpm y un par de 130 Nm a 1.750 rpm. Tiene un consumo oficial de 4,1 litros/100 km en ciclo mixto.
En la versión diésel, el Aygo está equipado con una caja de cambios manual idéntica a la que se ofrece en la versión de gasolina. Ambas disponen de cinco velocidades desarrolladas por Toyota y especialmente concebidas para reducir al máximo el consumo. Un aceite especial, de muy baja viscosidad, se ha desarrollado también para este fin.